Er wordt al ruim een eeuw veel onderzoek naar micro-organismen gedaan, toch weten we nog lang niet alles van ze. Wetenschappers denken dat er miljoenen verschillende soorten micro-organismen op de aarde zijn waarvan we pas minder dan één procent kennen. Al deze verschillende soorten worden onderverdeeld in drie zogeheten domeinen: Eukaryoten, Bacteriën en Archaea. In het domein van de eukaryoten vind je planten, dieren en schimmels. Binnen de schimmels vind je verschillende microorganismen, waaronder gist. Gist wordt bijvoorbeeld gebruikt voor het maken van brood, bier en wijn. Bij bacteriën denken mensen vaak aan ziekteverwekkers. Echter, de meeste bacteriën zijn onschadelijk en vele soorten zijn zelfs erg nuttig. Bacteriën worden bijvoorbeeld gebruikt voor het maken van yoghurt, maar ook in het zuiveren van afvalwater en het reinigen van verontreinigde bodems. Archaea, die ook wel oerbacteriën genoemd worden, zijn geen bacteriën, al lijken ze er wel erg op. Je vindt ze vaak onder extreme omstandigheden. De zogeheten extremofielen hebben zich helemaal aangepast om onder lastige omstandigheden te kunnen overleven. Daarnaast produceren enkele van deze Archaea, de methanogenen, een biogas wat wij bij bijvoorbeeld gebruiken tijdens het koken: methaangas.